Expozícia Kras a jaskyne Slovenska pozostáva z viacerých výstavných celkov. Ich úlohou je poskytnúť súhrnné informácie o procese krasovatenia, type a rozšírení krasu, vzniku a typoch jaskýň, o úlohe vody pri tvorbe a formovaní jaskýň a priepastí, o jaskynnej výzdobe. Exponáty, modely a diorámy sú doplnené aj krátkymi animovanými filmami, ktoré vysvetľujú proces vzniku a zániku jaskyne a tvorbu jednotlivých typov kvapľovej výzdoby. Jaskyne však nie sú len pusté podzemné priestory bez života. V súčasnosti aj v minulosti poskytovali domov mnohým živočíšnym druhom, ktorých najrozmernejším zástupcom je jaskynný medveď (Ursus spelaeus). Jeho početné kostrové pozostatky, no i model v životnej veľkosti pútajú pozornosť v miestnosti s názvom Biospeleológia.

Vzťah človeka k podzemným priestorom a spôsoby využívania jaskýň od paleolitu až po 20. storočie sú prezentované v časti Speleoarcheológia. Od čias, keď si ľudia osvojili technológiu zakladania ohňa, nepredstavovali už pre nich tmavé a chladné priestory žiadnu prekážku. Jaskyne poskytovali prístrešie, ochranu pred  nepohodou, nepriaznivým počasím, divými šelmami, a boli aj útočiskom pred nebezpečenstvom hroziacim od nepriateľov ľudského druhu. Ľudia využívali podzemie počas celého praveku s rôznou intenzitou. Niektoré archeologické kultúry jaskyne cielene vyhľadávali a stopy po ich pobyte sú časté a početné (napr. bukovohorská kultúra v mladšej dobe kamennej alebo kyjatická kultúra v neskorej dobe bronzovej v oblasti Slovenského krasu). Iné akoby sa im vyhýbali, hoci obývali krajinu bohatú na krasové javy (napr. púchovská kultúra, Kelti či prví Slovania). Jaskyne slúžili ako dočasné obydlia a úkryty v časoch vojen, povstaní či nepriateľských nájazdov. Tie, ktoré boli ukryté pred zrakom okoloidúcich, využívali jednotlivci alebo skupiny vykonávajúce nelegálnu činnosť – peňazokazci, zbojníci, pytliaci. Prvou jaskyňou na Slovensku, kde boli objavené stopy po činnosti falšovateľov mincí bola Chvalovská jaskyňa. Ďalšie dielne s rovnakým zameraním boli objavené v posledných rokoch vo viacerých jaskyniach na Spiši. Podzemné priestory bývali často opradené legendami a stali sa cieľom pre hľadačov pokladov. Niektorí v márnej snahe nájsť poklad premrhali celý svoj majetok, iní zaplatili pri prekonávaní podzemných prekážok životom.

Zaujímavým prvkom obľúbeným najmä u mladších vekových kategórií je model plazivky – úzkeho jaskynného priestoru, kde sa dá často pohybovať len plazením. Model je situovaný popri stene miestnosti a deti si tak môžu skrátiť prehliadku a zároveň dopriať rodičom viac času na expozíciu. Posledná časť je venovaná jaskyniarstvu. Najstaršie známe písomné zmienky o jaskyniach na území Slovenska pochádzajú z 13. storočia. V 17. storočí pútali pozornosť ľudí v niektorých jaskyniach najmä zvieracie kosti veľkých rozmerov. V tom čase sa predpokladalo, že sú to pozostatky drakov a dokonca boli využívané v ľudovom liečiteľstve. Viera v existenciu drakov pretrvala až do 18. storočia. Prelom 19. a 20. storočia je nazývaný zlatým vekom speleológie. Pre toto obdobie sú typické objavy najvýznamnejších jaskýň, prebiehalo ich sprístupňovanie, budovanie osvetlenia. Záujemcovia získajú informácie o meracích prístrojoch, vývoji osvetlenia, zameriavaní a pohybe v jaskyni, speleologickom prieskume a prvých verejnosti sprístupnených jaskyniach.